Nepal có lãnh thổ gần giống hình thang, dài 800km và rộng 200km, có diện tích 147.181km². Nepal nằm giữa vĩ tuyến 26° và 31° Bắc, kinh tuyến 80° và 89° Đông. Nepal thường được chia thành ba khu vực địa văn học: núi, đồi và Terai. Các vành đai sinh thái này kéo dài theo chiều đông tây và giao cắt với các hệ thống sông lớn chảy từ bắc xuống nam.

Vùng đồng bằng đất thấp miền nam còn gọi là Terai, nó giáp với Ấn Độ và là bộ phận của rìa phía bắc đồng bằng Ấn-Hằng. Nó hình thành và được tưới tiêu từ ba sông lớn của Himalaya là Kosi, Narayani, và Karnali cũng các sông nhỏ khởi nguồn bên dưới đường tuyết vĩnh cửu. Khu vực này có khí hậu cận nhiệt đới đến nhiệt đới. Khu chân núi ngoại biên nhất mang tên vùng đồi Sivalik hoặc dãy Churia cao từ 700 đến 100m, đánh dấu giới hạn của đồng bằng sông Hằng, tuy nhiên các thung lũng rộng và thấp gọi là các thung lũng Nội Tarai nằm tại một vài nơi về phía bắc của các khu chân núi này.

Vùng Đồi (Pahad) giáp các ngọn núi và độ cao là từ 800m đến 4000m, có khí hậu biến đổi từ cận nhiệt đới ở nơi cao dưới 1.200m đến núi cao ở nơi cao trên 3.600m. Dãy Hạ Himalaya có độ cao 1500m đến 3000m là giới hạn phía nam của vùng này, với các thung lũng sông cận nhiệt đới và "đồi" xen kẽ đến phía bắc của dãy này. Mật độ dân số tại các thung lũng ở mức cao song ít hơn đáng kể ở độ cao trên 2000 m và rất thấp ở độ cao trên 2.500 mét do tuyết thường rơi vào mùa đông.

Khu vực núi (Himal) nằm trên dãy Đại Himalaya, chiếm phần phía bắc của Nepal. Khu vực này có những điểm cao nhất thế giới như núi Everest (Sagarmāthā trong tiếng Nepal) cao 8848 m trên biên giới với Trung Quốc. Bảy trong số 14 đỉnh cao trên 8000 m của thế giới nằm tại Nepal hoặc trên biên giới Nepal-Trung Quốc: Lhotse, Makalu, Cho Oyu, Kangchenjunga, Dhaulagiri, Annapurna và Manaslu. Xói mòn của dãy Himalaya là một nguồn trầm tích rất quan trọng, chảy qua một số sông lớn như sông Ấn, sông Hằng và sông Brahmaputra ra Ấn Độ Dương.[30]

Va chạm giữa tiểu lục địa Ấn Độ và mảng Á-Âu bắt đầu từ kỷ Paleogen và tiếp tục cho đến nay, tạo ra dãy Himalaya và cao nguyên Thanh-Tạng. Nepal nằm hoàn toàn trong đới va chạm này, chiếm phần trung tâm của dãy Himalaya, gần một phần ba chiều dài 2.400 km của dãy núi.[31][32][33][34][35][36] Mảng Ấn Độ tiếp tục di chuyển về phía bắc so với châu Á với mức độ khoảng 5 cm mỗi năm.[37] Khi lớp vỏ lục địa của mảng Ấn Độ hút chìm dưới lớp vỏ tương đối yếu của Tây Tạng, nó tạo nên dãy Himalaya.

Nepal có năm vùng khí hậu, đại thể tương ứng theo độ cao. Vùng nhiệt đới và cận nhiệt đới nằm dưới 1.200 m, vùng ôn đới từ 1.200m đến 2.400m, vùng lạnh từ 2.400m đến 3.600m, vùng cận cực từ 3.600m đến 4.400m, và vùng băng giá trên 4.400m. Nepal có năm mùa: hè, gió mùa, thu, đông và xuân. Dãy Himalaya ngăn gió lạnh từ Trung Á vào mùa đông và tạo thành giới hạn phía bắc của mô hình gió mùa. Nepal từng có rừng bao phủ dày đặc, song phá rừng là một vấn đề lớn tại tất cả các vùng, gây ra xói mòn và suy thoái hệ sinh thái.

Nepal nổi tiếng với những nhà leo núi, có nhiều đỉnh cao nhất và thử thách nhất thế giới. Về kỹ thuật, sườn đông nam của Everest thuộc Nepal dễ leo hơn nên hầu hết mọi người chuộng lên núi từ Nepal thay vì Tây Tạng.

Các núi cao nhất tại Nepal:[38]

Khác biệt đáng kể về độ cao tại Nepal dẫn đến đa dạng về quần xã sinh vật, từ xa van nhiệt đới dọc biên giới với Ấn Độ, đến rừng lá rộng và rừng lá kim cận nhiệt đới tại vùng đồi, đến rừng là rộng và rừng lá kim ôn đới trên sườn của dãy Himalaya, đến các đồng cỏ và vùng cây bụi núi cao cùng đá và băng trên những nơi cao nhất. Tại những nơi có độ cao thấp, có vùng sinh thái xa van và đồng cỏ Terai-Duar, rừng lá rộng cận nhiệt đới Himalaya xuất hiện từ độ cao 500 m đến 1000 m và bao gồm Thung lũng Nội Terai. Rừng thông cận nhiệt đới xuất hiện từ độ cao 1000 m đến 2.000 m. Trên 2000 m, địa lý sinh vật của Nepal về đại thể được phân chia thành đông và tây qua sông Gandaki. Vùng sinh thái phía đông có xu hướng nhiều mưa hơn và phong phú về loài hơn, còn vùng phía tây thì khô hơn và có ít loài hơn. Từ độ cao 1500 m đến 3000 m là rừng lá rộng ôn đới, phân thành vùng phía đông và phía tây. Từ độ cao 3000 m đến 4000 m là rừng lá kim phía đông và phía tây cận cực Himalaya. Dưới 5500 m là cây bụi và bãi cỏ vùng cực phía đông và phía tây Himalaya.